Як правильно написати нарахування пені чи пені?

Сучасний варіант – «пені» (виплатити пені). В інших відмінках іменник змінюється так: пені, пені, пені, пені, пені, про пені. Таким чином, правильно: нарахування пені, сплатити пені.

Чого пенею?

poena – покарання) – вид фінансового покарання за невиконання у строк тих чи інших зобов'язань, що нараховується у відсотках від обумовленої договором або необхідної законом суми. Як і штраф, є видом неустойки.