Залежно від етіології захворювання ванкоміцин можна, можливо приймати внутрішньо. Для дорослих добова доза становить 0.5-2 г на 3-4 прийоми, для дітей – 40 мг/кг на 3-4 прийоми. Максимальна добова доза для дорослих при внутрішньовенному введенні становить 3-4 г.

Ванкоміцин не ефективний при прийомі всередину у разі інших типів інфекцій. Відповідну дозу можна приготувати у 30 мл води та дати хворому випити її або ввести через зонд. Для покращення смаку розчину до нього можна додавати звичайні харчові сиропи.

Ванкоміцин застосовується при серйозних або тяжких інфекціях, спричинених чутливими мікроорганізмами, у тому числі Staphylococcus spp. (включаючи пеніцилінозатворювальні та метицилін-резистентні штами), Streptococcus spp.